Το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης ιδρύθηκε το 1953, κατόπιν σχετικής άδειας που το Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων χορήγησε στην ΕΚΙΜ. Στεγάζεται σε νεοκλασικό οίκημα (Οίκος Α. & Μ. Καλοκαιρινού, 1903) ιδιαίτερης αρχιτεκτονικής αξίας το οποίο, με βάση τη βούληση του ευεργέτη της πόλης Ανδρέα Λυσ. Καλοκαιρινού (1862-1930), παραχωρήθηκε από τα Ιδρύματα Ανδρέα και Μαρίας Καλοκαιρινού, στην ΕΚΙΜ για τον σκοπό αυτό. Κατά τη δεκαετία του 1970 το Ιστορικό Μουσείο Κρήτης επεκτάθηκε με την ανέγερση νέας πτέρυγας. Η πτέρυγα αυτή συμπληρώθηκε στις αρχές της δεκαετίας του 1990 με προσθήκη ορόφου και ολοκληρώθηκε τον Μάιο του 2004 με τη διαρρύθμιση Αιθουσών Περιοδικών Εκθέσεων και Μικρού Αμφιθεάτρου. Η συνολική στεγασμένη εκθεσιακή επιφάνεια του Μουσείου είναι κατανεμημένη σε 25 χώρους, που καλύπτουν ιστορία δεκαεπτά αιώνων.
Οι Συλλογές του Μουσείου (Βυζαντινή και Μεταβυζαντινή, Ιστορική, Εθνογραφική, Νομισματική) απαρτίζονται από αντικείμενα που προέρχονται από παλαιές περισυλλογές και αγορές της ΕΚΙΜ, από δωρεές ιδιωτών αλλά και από αρχαιολογικές υπηρεσίες του Ελληνικού Δημοσίου υπό καθεστώς μακροχρόνιου δανεισμού.
Η Βιβλιοθήκη του ΙΜΚ με σπάνιες εκδόσεις, περιοδικά, αρχείο τοπικών εφημερίδων, ένα πλούσιο σύνολο ιστορικών αρχείων και φωτογραφικό υλικό, απευθύνεται όχι μόνο σε ερευνητές αλλά και στο ευρύ κοινό.
Οι περιοδικές εκθέσεις που διοργανώνονται στο ΙΜΚ δεν αναφέρονται αποκλειστικά και μόνο στις συλλογές και τα αντικείμενα του Μουσείου, αλλά σε αρκετές περιπτώσεις αφορούν θέματα πιο σύγχρονα, ενώ σε αρκετές περιπτώσεις αποτελούν συνδιοργανώσεις με άλλα επιστημονικά ιδρύματα της Ελλάδας και του εξωτερικού (ΜΙΕΤ, Στρατιωτικό Μουσείο Βουδαπέστης). Οι περιοδικές εκθέσεις συνδυάζονται με ποικίλες παράλληλες εκδηλώσεις, όπως συμπόσια, διαλέξεις, προβολές κ.ά. Ακόμη, ο τομέας των εκπαιδευτικών προγραμμάτων είναι ένα πεδίο δραστηριότητας στον οποίο αποδίδεται ιδιαίτερη βαρύτητα. Τα προγράμματα αυτά καλύπτουν όλες τις βαθμίδες της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης, προσφέρονται δωρεάν στους μαθητές των σχολείων, εκτελούνται σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο του Ιστορικού Μουσείου Κρήτης από μουσειοπαιδαγωγό και συνοδεύονται από ειδικό έντυπο υλικό που διανέμεται επίσης δωρεάν. Επιπλέον, στις παιδαγωγικές πρακτικές του ΙΜΚ εντάσσονται και δραστηριότητες περισσότερο ψυχαγωγικές, όπως για παράδειγμα παιδική λέσχη ανάγνωσης ή εορταστικές – επετειακές εκδηλώσεις ειδικά για παιδιά.
Κύριοι οικονομικοί πόροι για την λειτουργία του ΙΜΚ είναι η σταθερή χρηματοδότηση των Ιδρυμάτων Ανδρέα και Μαρίας Καλοκαιρινού προς την ΕΚΙΜ καθώς και τα έσοδα από κληροδοτήματα. Η επιτυχής διεκδίκηση ευρωπαϊκών προγραμμάτων (ΜΟΠ Κρήτης, Κοινωνία της Πληροφορίας, Πολιτισμός) επιτρέπει την διαρκώς ανανεούμενη εικόνα των εκθεσιακών χώρων με σύγχρονη μουσειακή αντίληψη και διαδραστικά μέσα.
